این نسبت، قطعاً خلاف واقع است. آیت‌الله حائری یزدی برای حفاظت از حوزه علمیه تازه‌تأسیس در برابر فشارهای رضاخان قلدر چاره‌ای غیر از پرهیز از ورود عملی به سیاست نداشت و آیت‌الله بروجردی نیز در شرایط خاص تاخت و تاز توده‌ای‌ها در ایران، روش مدارای موقت با حکومت را در پیش گرفته بود. این هر دو بزرگوار در نگاه فقهی معتقد به ورود حوزه و روحانیت به سیاست بودند کمااینکه شاگردانشان نیز بر همین عقیده بودند و هنگامی که زمینه برای ورود به سیاست فراهم شد، به این طرز تفکر عمل کردند. بطوری که مراجع آن زمان هم با نهضت امام خمینی همراه بودند و این، عمل کردن به سیره پیامبر و ائمه علیهم‌السلام است.
جفای دیگری که در همایش صدسالگی حوزه صورت گرفت این بود که نظر و عمل امام خمینی در موضوع ورود حوزه و روحانیت به سیاست نادیده گرفته شد. عیبی ندارد که سخنرانان همایش معتقد به جدائی دین از سیاست باشند ولی برخورداری این عقیده نباید منجر به نادیده گرفتن واقعیت بزرگ و انکارناشدنی نقش بسیار مهم فقهای بزرگی همچون امام خمینی در عمر صدساله حوزه علمیه قم و نظریه‌پردازی‌ها و عملکردهای روشن آنان در این عرصه شود. این روش، به جای آنکه تبیین کارنامه صدساله حوزه باشد، تحریف آنست و نمی‌تواند مقبول اصحاب فکر و علم و منطق و اهل تحقیق باشد. اهل تحقیق درباره همه چیز و همه کس منصفانه و با تکیه بر واقعیات علمی نظر می‌دهند و کارنامه حوزه علمیه را نیز واقع‌بینانه و عالمانه ارزیابی می‌کنند.

ما با نظر اول موافقیم و انتقادمان به نظر دوم اینست که تعریف استقلال حوزه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی فراتر از آن چیزی است که از مفهوم اصطلاحی این کلمه فهمیده می‌شود. منظور اینست که حوزه‌های علمیه باید در مرتبه‌ای بالاتر از دولت و نظام حکومتی قرار داشته باشند بطوری که بر رفتارهای دولت و نظام نظارت کنند و هرجا لازم بود بتوانند مسیر دولت و نظام را تصحیح نمایند ضمن اینکه تضمینی برای دائمی بودن نظام حکومتی دینی وجود ندارد.
دریافت بودجه از دولت، قطعاً با استقلالی که دارای چنین تعریفی است، سازگاری ندارد. اگر امام خمینی توانست با نهضت روحانیت، بر رژیم شاه که توسط قدرت‌های شرقی و غربی آن زمان حمایت می‌شد غلبه کند، به دلیل برخورداری حوزه‌های علمیه و روحانیت از استقلال و بی‌نیازی آن از دریافت پول دولتی بود. این، یک امتیاز بزرگ برای حوزه‌های علمیه و روحانیت است که نباید از دست برود.
حوزه‌های علمیه و روحانیت از آغاز تأسیس تاکنون همواره از وجوه شرعیه و هدایای مردمی اداره می‌شدند. همین حالا هم بخش‌هائی از حوزه‌های علمیه و روحانیت فقط از وجوه شرعیه و هدایای مردم استفاده می‌کنند و کمترین وابستگی به بودجه دولتی ندارند. تجربه نشان داده است این بخش از روحانیت از آزاداندیشی و استقلال بیشتری برخوردارند و همانند اسلاف خود توانسته‌اند رابطه خود را با مردم حفظ کنند.

خودداری روحانیت از دریافت بودجه دولتی در شرایط بحران اقتصادی کنونی و زمانی که مردم گرفتاری‌های گسترده معیشتی دارند، می‌تواند یک اقدام مهم در جهت همراهی با مردم و کمک به دولت برای حل بخشی از مشکلات بودجه‌ای در شرایط تحریم باشد. این احتمال وجود دارد که دولت برای قطع کردن بودجه‌های حوزه‌های علمیه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی با موانع و مشکلاتی مواجه باشد و یا در صورت انجام این کار، با مشکلاتی مواجه شود. به همین دلیل، بهتر است خود حوزه‌های علمیه و روحانیت پیشقدم شوند و از دولت بخواهند ردیف‌های بودجه آنها را حذف کند تا از این طریق راه برای حل بخش‌هائی از مشکلات مالی دولت باز شود و دولت از حذف ارز ترجیحی خودداری نماید و از سنگین کردن کفه اخذ مالیات صرفنظر کند.

جدا شدن حوزه‌های علمیه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی از بودجه دولتی، علاوه بر تأمین استقلال روحانیت موجب برقراری مجدد ارتباط این نهاد کهن دینی با مردم می‌شود و علاقه مردم به علمای دینی را از آفات مصون نگه می‌دارد. این واقعیت را نمی‌توان انکار کرد که وابستگی مالی روحانیت به دولت، نگاه مردم به روحانیت را تغییر داده و دچار آسیب کرده است.

این انتظار نیز از حوزویان وجود دارد که به افرادی که خواهان قطع شدن بودجه دولتی حوزه‌های علمیه و سازمان‌ها و مجامع فرهنگی دینی هستند به چشم مخالفین حوزه نگاه نکنند. این، یک خیرخواهی برای روحانیت است و طرفداران این نقطه‌نظر، از بهترین دوستان روحانیت و نظام جمهوری اسلامی هستند. معتقدان به این نظر بسیار زیادند ولی عده‌ای از آنها صاحب تریبون نیستند، عده‌ای آماده خطر کردن نیستند و عده‌ای نیز به دلیل اینکه احتمال مؤثر بودن نمی‌دهند از اظهارنظر خودداری می‌کنند. راه صحیح اینست که بزرگان روحانیت پیشقدم شوند و وابستگی به بودجه دولتی را برای همیشه قطع کنند.