متخصصان دقیقا دلیل بروز  سردردهای فصلی را نمی‌دانند، اما احتمالا موضوع به ساعت درونی بدن انسان‌ها مرتبط می‌شود. در واقع، مغز هر فرد دارای ساعت درونی خاصی است که ریتم شبانه روزی او را کنترل می‌کند. ساعت درونی مغز نسبت به میزان نور روز حساس است و به کنترل چرخه خواب افراد کمک می‌کند.

به گفته متخصصان، احتمالا تغییر در چرخه خواب است که باعث بروز مجموعه سردردهای فصلی می‌شود. سردردهای خوشه‌ای خیلی شدید بوده و معمولا با تغییر در ساعت درونی مغز اتفاق می‌افتند.

برخی نیز در فصل تابستان در قالب میگرن، دچار سردردهای خوشه‌ای می‌شوند، چون بسیاری از این افراد نسبت به گرما حساس هستند.

متخصصان توصیه می‌کنند، بهترین راه برای مدیریت این سردردها، مراجعه به پزشک قبل از شروع هر فصل است.